Para subir nuestro certificado SSL en el portal de Azure primero debemos ir a nuestro Cloud Service, y de ahí a la sección Certificates:

Allí iremos a Upload a certificate, en donde se nos pedirá la ubicación del certificado SSL en nuestra PC. Este certificado deberá estar en formato .PFX o .CER. También se nos pedirá una contraseña, para asegurarnos que sólo nosotros podamos tener acceso al certificado:

Una vez subido el archivo podremos referenciarlo desde la configuración de nuestro cloud service.